依據(jù)國家法規(guī)，在專業(yè)的PCR實驗（比如臨床PCR檢驗實驗室）室通常需要做到四區(qū)隔離（或至少是三區(qū)隔離）的要求。 
    一般常見的三區(qū)指的是： 
1、試劑配制區(qū)：PCR反應體系的配制區(qū)域。 
2、標本處理區(qū)：包括擴增模板的制備，也就是我們常常提取DNA的地方；3、PCR擴增和產(chǎn)物分析區(qū)：進行PCR擴增的區(qū)域，也是擴增產(chǎn)物進行凝膠電泳分析的區(qū)域。 

    如果將PCR擴增區(qū)域和產(chǎn)物分析區(qū)細分，那就是典型的四區(qū)隔離了。四區(qū)隔離，主要目的是防止氣溶膠在各個PCR區(qū)域之間的流動，為了避免互相污染，可以針對不同區(qū)域設置正負壓的方法： 
1.試劑配制區(qū)（Ⅰ區(qū)）：最潔凈的區(qū)域，保持微正壓使得外界空氣無法進入隔離污染源。并且陰性模板應該在此區(qū)加入PCR管并蓋蓋，嚴禁在此區(qū)域打開、存放裝有DNA模板的離心管；
2.DNA模板添加區(qū)（Ⅱ區(qū)）：保持微負壓，保證內(nèi)部空氣不外泄，以免陽性模板的氣溶膠對外界環(huán)境造成污染。
3.擴增及PCR產(chǎn)物分析區(qū)（Ⅲ區(qū)）：保持微負壓，使得內(nèi)部空氣不外泄，以免擴增產(chǎn)物的氣溶膠對外界環(huán)境造成污染。
    在進入PCR實驗室，需要在操作時遵循Ⅰ區(qū)→Ⅱ區(qū)→Ⅲ區(qū)單一方向進行，不可逆向進行。 不然可能會產(chǎn)生氣溶膠污染，出現(xiàn)假陽性結(jié)果!所以PCR實驗室在投入使用之前，首先要經(jīng)過國家授權(quán)的檢測機構(gòu)的檢測，并且取得PCR實驗室檢測合格報告，然后徹底消毒以后，才能正常使用。