生物安全實驗室消毒滅菌是一個不可缺少的環(huán)節(jié)，不管是日常使用以后，還是發(fā)生污染時，必須需要做相應的滅菌，針對滅菌的方法，可以參考《消毒技術規(guī)范》的要求，將滅菌分成以下四大類：

（1）低水平消毒法:只能殺滅細菌繁殖體和親脂病毒的化學消毒劑和通風散氣、沖洗等機械除菌法。如單鏈季銨鹽類消毒劑(苯扎溴銨等)、雙胍類消毒劑如氯己定、中草藥消毒劑和汞、銀、銅等金屬離子消毒劑等。  
     （2）中水平消毒法：是可以殺滅和去除細菌芽孢以外的各種病原微生物的消毒方法，包括超聲波、碘類消毒劑(碘伏、碘酊、氯己定碘等)、醇類和氯已定，醇類和季銨鹽（雙鏈季銨鹽）類化合物的復配消毒劑、酚類等消毒劑等。
     （3）高水平消毒法：可以殺滅一切病原微生物的消毒方法。這類消毒劑應能殺滅一切細菌繁殖體（包括結核分枝桿菌）、病毒、真菌及其孢子和細菌芽孢（除了一些高抗力的細菌芽孢外）。物理消毒法有：紫外線；化學消毒法有：含氯、二氧化氯、過氧乙酸、過氧化氫、含溴消毒劑、臭氧、二溴海因等甲基乙內酰脲類化合物和一些復配的消毒劑等   
     （4）滅菌法：可殺滅外環(huán)境中除了一些高抗力的細菌芽孢以外的所有微生物的物理、化學方法。物理方法有：熱力滅菌、電離輻射滅菌、微波滅菌、等離子體滅菌等；化學方法有：甲醛、戊二醛、環(huán)氧乙烷、過氧乙酸、過氧化氫和某些復方含氯等化學滅菌劑等 。
      以上生物實驗室化學消毒滅菌方法均需要在規(guī)定的條件下，以合適的強度、劑量或濃度和有效的作用時間進行消毒滅菌。生物實驗室消毒滅菌都是直接采用滅菌法，所以就不會使用像醇類、超聲波等方法來滅菌，通常使用的方法包括了高溫滅菌、化學試劑滅菌和輻射滅菌這幾大類，高溫滅菌比如采用高壓滅菌鍋，輻射滅菌比如采用紫外燈，化學試劑滅菌如采用次氯酸鈉、過氧化氫等。